A Secretaria de Direitos Humanos tem a seguinte estrutura organizacional:

1 - Órgãos de assistência direta e imediata ao ministro:

a) Gabinete;
b) Ouvidoria de Direitos Humanos;

2 - Órgãos específicos singulares:

a) Secretaria de Gestão da Política de Direitos Humanos;
b) Secretaria Nacional de Promoção e Defesa dos Direitos Humanos;
c) Secretaria Nacional de Promoção dos Direitos da Criança e do Adolescente;
d) Secretaria Nacional de Promoção dos Direitos da Pessoa com Deficiência

3 - Órgãos colegiados:

a) Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana (CDDPH);
b) Conselho Nacional de Combate à Discriminação (CNCD);
c) Conselho Nacional dos Direitos da Pessoa com Deficiência (Conade);
d) Conselho Nacional dos Direitos da Criança e do Adolescente (Conanda);
e) Conselho Nacional dos Direitos do Idoso (CNDI);
f) Conselho Nacional de Promoção do Direito Humano à Alimentação (CNPDHA).