Os programas de proteção a vítimas e a testemunhas ameaçadas têm a sua operacionalização e funcionamento realizados por meio de estruturas especialmente delineadas para tal fim, conforme prevê a Lei n.º 9.807/99: Conselho Deliberativo, Órgão Executor, Equipe Técnica e Rede Solidária de Proteção.

Cada Programa tem como instância decisória superior um Conselho Deliberativo, responsável pelo ingresso e exclusão de pessoas ameaçadas e composto por representantes do Poder Judiciário, do Ministério Público e de órgãos públicos e privados relacionados com a segurança pública e a defesa dos direitos humanos.

A execução das atividades do Programa fica sob a responsabilidade de uma das entidades que integram o Conselho Deliberativo, denominada pela Lei de Órgão Executor, a quem compete realizar a contratação da Equipe Técnica e proceder à articulação da Rede Solidária de Proteção.

À Equipe Técnica, formada por profissionais especialmente contratados e capacitados para a função, cabe a efetivação da assistência social, jurídica e psicológica, necessária tanto para a análise da necessidade da proteção e da adequação dos casos ao Programa quanto para o constante acompanhamento dos beneficiários.

A Rede Solidária de Proteção, por fim, é o conjunto de associações civis, entidades e demais organizações não-governamentais que se dispõem voluntariamente a receber os admitidos no programa, proporcionando-lhes moradia e oportunidades de inserção social em local diverso de sua residência habitual.

Assim, a notícia de que uma vítima ou testemunha corre risco é levada ao Conselho Deliberativo, que decide quanto à sua inclusão no Programa, para tanto considerando a análise do caso feita pela Equipe Técnica e o parecer da lavra do Ministério Público (Lei nº 9.807/99, art. 3º). O Órgão Executor, então, providencia o traslado e a acomodação da pessoa em local sigiloso, dentro da Rede de Proteção.

Em situações emergenciais, a vítima ou testemunha é colocada provisoriamente sob custódia dos órgãos policiais, enquanto é feita a triagem do caso.

Valendo-se das dimensões continentais do país, o Sistema possibilita a permuta de beneficiários entre as diversas redes de proteção, providenciado o deslocamento da pessoa ameaçada para um outro Estado, sendo que o sigilo do seu novo paradeiro é usado como expediente garantidor da sua segurança e integridade.

Todas os beneficiários dos programas permanecem à disposição da Justiça, da polícia e demais autoridades para que, sempre que solicitados, compareçam pessoalmente para prestar depoimentos nos procedimentos criminais em que figuram como vítimas ou testemunhas. Esses traslados e deslocamentos são sempre realizados sob escolta policial e, conforme as exigências de cada caso, são utilizadas técnicas para o despiste e disfarce da pessoa em situação de risco.