É no governo Itamar Franco (1992-1994), sob a gestão de Maurício Corrêa (1992-1994), antigo presidente da OAB no Distrito Federal, no Ministério da Justiça, que o CDDPH irá se firmar como um órgão decisivo para ativar uma tensão que será decisiva para a implementação dos direitos humanos no processo de consolidação democrática. Ficará patente o contraste, especialmente depois de 1992, quando foram ratificados a maior parte dos instrumentos internacionais de direitos humanos, um governo federal pró-ativo no enfrentamento das violações e administrações estaduais menos ativas na imposição do respeito aos compromissos internacionais de direitos humanos assumidos na comunidade internacional pelo Estado brasileiro. Essa atuação mais presente do governo federal, apoiando o trabalho do CDDPH, articulado com o fortalecimento das organizações da sociedade civil, contribuirá para que a gramática dos direitos humanos venha a ser mais explicitada em meados dos anos 1990.

Lançou-se a discussão sobre a reforma do CDDPH que assumiria a natureza de um Conselho Nacional de Direitos Humanos. O objetivo era ampliar a participação da sociedade civil no Conselho tornando-o mais ágil e democrático. A reformulação proposta pelo Ministro Maurício Correa criava condições para o acompanhamento de inquéritos sobre crimes de direitos humanos, que deveriam passar conforme a gravidade para competência da Justiça Federal. Outro tema debatido continuou a ser a violência rural, as práticas de trabalho escravo e os assassinatos "seletivos" visando aniquilar a resistência dos trabalhadores rurais com a morte de defensores como sindicalistas, padres, agentes pastorais e advogados.

O CDDPH conduziu investigação através de comissão, sobre a violência no campo, tendo o Procurador da República Álvaro Augusto Ribeiro da Costa em seu relatório observado que o governo federal, os governantes estaduais e os órgãos de segurança não têm dado a resposta que a sociedade exige em relação àqueles crimes. Uma outra comissão começou a investigar emasculação de crianças em Altamira no Pará. Outro tema em discussão no CDDPH foi a violência contra meninos e meninas de rua praticada por policiais militares em São Paulo, assim como violações praticadas por policiais militares no Estado do Espírito Santo. E sobre a mesma questão foi instalada uma sub-comissão encarregada de apurar violações de direitos humanos pela polícia militar no Estado do Espírito Santo. Neste período foi também examinado relatório sobre o envolvimento de policiais militares na chacina de Vigário Geral.

Foi nesta mesma época que passou a ter relevo no CDDPH a defesa da extinção do foro privilegiado dos crimes cometidos por policiais militares. Neste sentido o conselheiro José Augusto Lindgren Alves, representante do Ministério das Relações Exteriores relatou documento traduzindo o repúdio da comunidade internacional com respeito a esses crimes.

Na gestão do ministro Alexandre Dupeyrat Martins (1994) o CDDPH continuou a examinar a violência contra meninos em Altamira no Pará, sendo relator Dr. Percílio de Sousa Lima Neto, representante da OAB e foi aprovada a idéia de um grupo permanente de proteção dos direitos humanos ligado ao Ministério da Justiça.

Outro tema que ganha relevo nesta fase foi o seqüestro de crianças e tráfico de órgãos tendo sido submetido ao conselho um minucioso relatório do ministro Affonso Emílio Massot, chefe do Departamento Consular e Jurídico do Itamaraty, tratando inclusive do tema das adoções internacionais.. entre outros temas foram discutidas denúncias de crime organizado no Espírito Santo sob a responsabilidade por relatar os casos do Dr. João Benedicto de Azevedo Marques. As ações organizadas foram relatadas pelo jornalista Carlos Chagas, representante da Associação Brasileira de Imprensa, ABI, um dos representantes mais antigos do Conselho.

Em agosto de 1994 assume a Coordenadoria do Conselho o Dr. Humberto Pedrosa Espínola a convite do Dr. Alexandre Dupeyrat, ministro da justiça. Neste período os conselheiros passaram a adotar a prática de convidar personalidades atuantes na proteção e promoção dos direitos humanos para participar das reuniões e das comissões como "convidados permanentes", o que já estava previsto na Lei Federal que instituíra o Conselho e ta então não fora realizado.

A necessidade de dar maior funcionalidade, eficiência, representatividade e exigüidade ao órgão, compatibilizando-o com a avaliação de temática de direitos humanos, motivou, em1994, a iniciativa do poder executivo de transformação do CDDPH mediante a alteração da Lei nº 4.319/64 que normatizou de criação do CDDPH.

A partir da administração Fernando Henrique Cardoso, sendo ministro da justiça, Dr. Nelson Jobim, foi aprofundado o diálogo com a sociedade civil organizada, iniciada a gestão Maurício Correa, em decorrência da participação brasileira na Conferência Mundial de Direitos Humanos de Viena, em 1993. Nesta Conferência, a presidência da comissão de redação da Declaração e Programa de ação coube ao Embaixador Gilberto Sabóia. O governo federal sob a coordenação do Dr. José Gregori, chefe de gabinete do ministro da Justiça, desencadeou o vasto processo de definição de uma agenda comum para a defesa dos direitos humanos, que procurou criar mecanismos capazes de efetivar as metas estabelecidas da política de direitos humanos do governo.

Em 13 de maio de 1996, em meio ao trauma causado pelo massacre de Eldorado dos Carajás, o governo Fernando Henrique Cardoso lançou o Programa Nacional dos Direitos Humanos (PNDH). Esse o primeiro programa para a proteção e promoção dos direitos humanos na América Latina. O programa foi apresentado preliminarmente ao CDDPH, que ofereceu contribuições valiosas.

O programa foi mais que um conjunto de 222 propostas de ação do governo para a promoção e defesa de direitos no Brasil: é um processo de construção da plenitude de direitos humanos em parearia entre o Estado e as organizações da sociedade civil. É um quadro de referência para que as garantias do estado de direito e para as parcerias entre o Estado e a sociedade civil se desenvolvam.

Na realidade, o CDDPH durante o governo Fernando Henrique Cardoso (1995-1999 e 2000) funcional como uma efetiva instância de acompanhamento e monitoramento das políticas públicas e de apoio às propostas de do Programa. Entre essas devemos indicar a tipificação do crime de tortura (Lei 9455/97) tornando possível a efetiva aplicação das normas da convenção contra tortura e a transparência da competência para julgar os homicídios praticados por policiais militares dos tribunais estaduais da justiça da polícia militar para o judiciário civil (9299/96). Essa lei, por se tratar de alteração de lei processual, com efeito retroativo para casos não passados em julgados, como os massacres do Carandiru em São Paulo, Corumbiara em Rondônia e Eldorado dos Carajás, no Pará.

Neste período, a atuação do CDDPH é fortalecida pela participação nas reuniões de autoridades estaduais, como secretários de segurança pública, procuradores gerais de justiça nas reuniões convidados a prestar esclarecimentos sobre casos em exame com a presença da mídia. Essa participação tem sido essencial para assegurar que os governos estaduais, subsidiem com decisões claras, a responsabilidade por violações cometidas no âmbito da competência estadual. Alem disso o CDDPH cada vez mais recorreu a constituição de comissões, que contam com a colaboração do Ministério Público Federal e da polícia Federal.

Contribuiu igualmente para o relevo do CDDPH a criação da Secretária Nacional de Direitos Humanos, em 1997, logo transformada em 1999 em Secretaria de Estado. A atuação do Dr. José Gregori a frente dessa Secretaria permitiu que nas gestões do Ministro da Justiça Íris Resende (1997-1998) e do senador Renan Calheiros (1998), as atividades do CDDPH pudessem contar com uma efetiva coordenação que assegurou ao órgão uma continuidade inédita em sua evolução desde 1964.

Entre os casos mais graves que tiveram acompanhamento e investigação minuciosa por comissões especiais devem ser sublinhados alguns que alcançaram grande comoção social. A organização criminal no Espírito Santo denominada "Scuderie Detetive Le Cocq", com o envolvimento de policiais civis que cometeram dezenas de crimes violentos. A ação do CDDPH e subcomissão que atuou nas investigações no Estado do Espírito Santo resultou em dois importantes relatórios com recomendações nas esferas estaduais e federal. A tortura e assassinato de José Ivanildo de Souza pela polícia federal, preso por suspeita de envolvimento com o tráfico de drogas foi torturado e morto nas dependências da polícia federal do estado do Ceará. Por deliberação no CDDPH o ministro da justiça determinou o afastamento e a demissão dos delegados e dos policiais federais envolvidos e iniciou o processo de indenização aos familiares dos presos.

No caso de Eldorado dos Carajás o acompanhamento do CDDPH propiciou importantes deliberações, no mesmo dia de sua ocorrência, que acabaram por influir na apuração e na maior celeridade das investigações e tramitação do processo criminal. Foi a presença do Ministério Nelson Jobim e do Dr. José Gregori, seguida de representantes do CDDPH, que asseguravam a acampamento daquele massacre por autoridades federais, como a polícia federal com a colaboração do exército nacional. Foi a atuação do CDDPH que permitiu a realização de autópsias por perito independente, criando condições para fundamentar o envolvimento de polícias militares no massacre.

As ações da comissão e subcomissão do CDDPH referente aos grupos de extermínio no estado do Acre ligados ao tráfico internacional de drogas incentivaram a ação conjunta de uma "força tarefa" com a Câmara dos Deputados, formada por parlamentares da CPI do narcotráfico, Polícia Federal e Ministério Público Federal com a colaboração de algumas autoridades estaduais do Acre resultando em dezenas de processos de polícias, políticos e criminosos já condenados entre estes o ex-coronel da Polícia Militar e Deputado Hildebrando Pascoal que foi preso, teve seu mandato de parlamentar cassado, processado e condenado criminalmente. Das investigações no Acre surgiram indícios de conexões criminosas em outros estados brasileiros.

Finalmente, na 50º aniversário da Declaração Universal de Direitos Humanos o governo brasileiro reconheceu, por larga influência do CDDPH de 1998, a jurisdição da Corte Interamericana de Direitos Humanos, sediada na Costa Rica.

O CDDPH alcançou uma atuação mais dinâmica e positiva desde 1995. Com eleito, a presença efetiva e imediata de comissões e enviadas o Conselho nos locais de conflitos de violações graves de direitos humanos, e de grande repercussão. O monitoramento constante das apurações e da identificação dos responsáveis por essas ocorrências, a prestação de medidas reparatórias, o diálogo constante com os agentes públicos envolvidos, a formulação de propostas visando a prevenir violações são hoje a marca da atuação do CDDPH.

Não deve ser esquecido que a atuação do CDDPH e de órgãos de defesa dos direitos humanos, públicos e privados, sempre enfrentam inúmeras resistência e obstáculos presentes no próprio aparelho institucional. No caso do CDDPH, o crescimento de sua atuação – ou seja de seu funcionamento efetivo – revelou uma série de deficiências de ordem estrutural, muitas resultantes do próprio texto legal de 1964, que tiveram de ser superadas no funcionamento concreto do órgão.

Apesar dessas dificuldades a história do CDDPH é reflexo da própria história política brasileira e do processo de organização das organizações de sociedade civil. Fundado em 1964 numa conjuntura de crise, o Conselho terá de enfrentar e muitas vezes se opor ao quadro institucional de um regime de exceção, como foram os governos militares entre 1964 e 1985. É de justiça registrar a extraordinária e corajosa presença dos representantes na sociedade civil e, de parlamentares da oposição, o CDDPH, mesmo nos períodos de mais atroz repressão durante o regime autoritário.

Com o processo de transição e consolidação democrática o CDDPH veio a assumir a efetivo papel de órgão maior para partnership entre o governo e a sociedade civil. Ainda que guardando a mesma estrutura herdada do regime autoritário, os diversos governos que lhe haviam sido negados pela ditadura. Com efeito as deliberações do Conselho passaram a ter grande transparência e publicidade. Os diversos órgãos dos diferentes poderes desenvolveram uma ação dedicada e concertada contra a impunidade das graves violações de direitos humanos. Finalmente a restrita participação da sociedade civil foi ampliada com a progressiva abertura do CDDPH a uma efetiva participação da organização não governamentais.

Desse modo o CDDPH chega após trinta e seis anos de sua criação com sua clara inserção nos mecanismos de proteção nacional, regional e internacional dos direitos humanos. O que havia começado como uma iniciativa de órgãos que protege os cidadãos do arbítrio do estado, no final do século se configurava como uma instituição nacional capaz de contribuir de forma permanente para a promoção e proteção dos direitos humanos no Brasil.